Small Regulatory RNAs in Nutrient Adaptation in Bacteroides fragili in Katowice

Instytut Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk

Obszar badań: nauki biologiczne

Profil badacza: Pierwszy etap badacza (R1)

Typ umowy: Tymczasowa

Status pracy: Pełny etat

Godziny pracy w tygodniu: 40

Data rozpoczęcia oferty: 1 marca 2027

Opis oferty: Bacteroides fragilis jest ważnym członkiem ludzkiej mikrobioty jelitowej, który musi nieustannie dostosowywać się do zmian dostępności składników odżywczych, aby przetrwać i utrzymać się w środowisku jelitowym. Jego zdolność do wykorzystywania różnorodnych węglowodanów zależy od wyspecjalizowanych lokusów wykorzystania polisacharydów (PUL), których ekspresja jest ściśle regulowana w odpowiedzi na warunki środowiskowe. Małe RNA regulatorowe (sRNA) stają się ważnymi regulatorami ekspresji genów bakterii, umożliwiając szybką adaptację poprzez kontrolę posttranskrypcyjną. Celem tego projektu jest identyfikacja i charakteryzacja RNA regulatorowych zaangażowanych w regulację zależną od składników odżywczych oraz zbadanie ich mechanizmów działania.

Cele badawcze:

• Analiza transkryptomu Bacteroides fragilis w określonych warunkach odżywczych: Przeprowadzenie sekwencjonowania RNA szczepów B. fragilis hodowanych na różnych źródłach węgla, w tym prostych i złożonych węglowodanach pochodzących z diety i źródeł związanych z gospodarzem, aby zbadać zmiany w ekspresji genów zależne od składników odżywczych.
• Identyfikacja i priorytetyzacja RNA regulatorowych związanych z wykorzystaniem węglowodanów: Identyfikacja i adnotacja małych RNA regulatorowych (sRNA) związanych z lokusami wykorzystania polisacharydów (PUL) i ich białkami regulatorowymi. Priorytetyzacja kandydatów na podstawie ich profili ekspresji, kontekstu genomowego i potencjalnych funkcji regulatorowych.
• Molekularna i funkcjonalna charakterystyka wybranych RNA regulatorowych: Badanie celów regulacyjnych i mechanizmów działania wybranych sRNA przy użyciu podejść mikrobiologicznych, genetycznych i molekularnych. Określenie ich wkładu w wykorzystanie węglowodanów i adaptację do składników odżywczych w B. fragilis.

Wymagania: Posiadanie tytułu magistra nauk ścisłych, magistra inżyniera, lekarza medycyny lub równoważnego w dziedzinie nauk ścisłych, przyrodniczych, medycznych lub pokrewnych, uzyskanego na polskiej lub zagranicznej uczelni; osoba, która nie posiada opisanych powyżej kwalifikacji, może wziąć udział w konkursie, ale musi uzyskać wymagane kwalifikacje i dostarczyć odpowiednie dokumenty przed rozpoczęciem programu w Szkole Doktorskiej (tj. 1 marca 2027). Edukacja w Szkole Doktorskiej rozpoczyna się 1 marca 2027.

Specyficzne wymagania:

• Doświadczenie praktyczne w technikach mikrobiologii molekularnej, w tym testach wzrostu bakterii, ekstrakcji kwasów nukleinowych i białek, PCR, elektroforezie żelowej i klonowaniu.
• Doświadczenie w technikach hodowli beztlenowej będzie dodatkowym atutem.
• Doświadczenie w technikach biochemii RNA, w tym fluorescencyjnym i/lub radioznakowaniu oligonukleotydów, blottingiem Northern, badaniami strukturalnymi będzie atutem.
• Doświadczenie w analizie danych sekwencjonowania RNA i podstawowej bioinformatyce będzie atutem.
• Dobra znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie.
• Umiejętność samodzielnego myślenia i rozwiązywania problemów.
• Gotowość do nauki i stosowania nowych technik.

Informacje dodatkowe:

• Możliwość wynajęcia pokoju w hotelu Instytutu przez pierwsze 3 miesiące po specjalnej cenie (w zależności od dostępności pokoi);
• Możliwość przystąpienia do planu medycznego;
• Mini-granty badawcze dla doktorantów (do 20 000 PLN, doktorant może ubiegać się o fundusze dwa razy podczas studiów);
• Granty konferencyjne (każdy doktorant może wykorzystać do 12 000 PLN na uczestnictwo w konferencjach podczas studiów);
• Dopłata do karty multisport;
• Wsparcie w uzyskaniu karty pobytu czasowego (+ zwrot kosztów aplikacji TRC);
• Kursy językowe (polski, angielski, niemiecki, francuski, hiszpański, włoski… (oferta kursów może się zmieniać);
• Opieka psychologiczna (do 5 wizyt);
• Dopłata na zakup okularów (raz na dwa lata);
• Darmowe miejsce parkingowe.

Proces selekcji:

Etap pierwszy: Komitet analizuje dokumenty aplikacyjne pod kątem kompetencji kandydata i ich zgodności z wymaganiami określonymi w programie rekrutacyjnym. Kandydaci, którzy uzyskają co najmniej 40% maksymalnej liczby punktów w pierwszym etapie, kwalifikują się do drugiego etapu.

Etap drugi: Komitet ocenia wcześniejsze osiągnięcia kandydatów i ich wyniki akademickie na podstawie złożonych dokumentów. Kandydaci z 5 najlepszymi wynikami, nie niższymi niż 60% maksymalnej liczby punktów, zakwalifikują się do trzeciego etapu.

Etap trzeci: Przy ustalaniu wyników rozmowy kwalifikacyjnej Komitet bierze pod uwagę: stopień zrozumienia własnej pracy; zdolność do interpretacji uzyskanych wyników; zrozumienie zastosowanych metod, wiedza w dziedzinie związanej z tematem złożonej pracy (skala oceny: 0 - 10 punktów); wiedza w zakresie wymienionym w ogłoszeniu rekrutacyjnym (skala oceny: 0 - 10 punktów); forma prezentacji wyników kandydata (skala oceny: 0 - 3 punkty).

Liczba dostępnych ofert: 1

Instytut Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk

Kraj: Polska

Miasto: Warszawa

Kod pocztowy: 02-106

Ulica: ul. Pawińskiego 5A