adiunkt/postdoc w projekcie NCN OPUS 29 in Warsaw

Instytut Podstawowych Problemów Techniki Polskiej Akademii Nauk ogłasza konkurs na stanowisko adiunkt/postdoc w projekcie NCN OPUS 29 „Wielkoskalowe modelowanie zmian konformacyjnych w kwasach nukleinowych”.

Instytucja: Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN

Miasto: Warszawa

Dyscyplina naukowa: Biofizyka obliczeniowa

Termin składania ofert: 2 grudnia 2026

Rozpoczęcie pracy: 1 stycznia 2027

Czas trwania projektu: 48 miesięcy

Przewidywany termin rozstrzygnięcia rekrutacji: grudzień 2026 r.

Kwasy nukleinowe nieustannie zmieniają swój kształt: DNA wygina się, skręca, otwiera i owija wokół białek, a RNA zwija się w struktury typu spinki do włosów, połączenia wieloramienne i G-kwadrupleksy. Te zmiany konformacyjne decydują o tym, jak informacja genetyczna jest przechowywana, odczytywana i regulowana, jednak zachodzą one w skalach przestrzennych i czasowych niedostępnych dla symulacji atomistycznych. W ramach projektu podejście GōMartini 3, łączące specyficzność chemiczną Martini 3 z sieciami kontaktów Gō, zostanie rozszerzone z białek na DNA i RNA. Symulacje atomistyczne posłużą do parametryzacji i walidacji modelu, który następnie zostanie zastosowany do badania wielkoskalowych przejść konformacyjnych, takich jak zginanie DNA, otwieranie par zasad, zwijanie, a także kompleksów białek z kwasami nukleinowymi, np. układów nukleosomowych. Wybrana osoba odegra kluczową rolę w rozwoju, walidacji i udostępnieniu nowego modelu.

Zakres obowiązków:

• Rozwój i implementacja modelu GōMartini 3 dla DNA i RNA w pakietach MD, w tym map kontaktów Gō wyznaczanych ze struktur atomistycznych, metod wzmocnionego próbkowania oraz charakterystyki mechanicznej.
• Prowadzenie gruboziarnistych symulacji zmian konformacyjnych w kwasach nukleinowych.
• Tworzenie narzędzi programistycznych w Pythonie oraz procedur analizy danych, a także utrzymywanie repozytorium GōMartini3-tools na GitHubie.
• Przygotowywanie publikacji naukowych i prezentowanie wyników na konferencjach międzynarodowych.
• Współopieka nad doktorantami.

Profil kandydata/Wymagania:

• Stopień doktora w dziedzinie biofizyki obliczeniowej, chemii lub dziedzin pokrewnych, ze szczególnym uwzględnieniem symulacji MD, uzyskany w roku zatrudnienia w projekcie lub w okresie 12 lat przed 1 stycznia roku zatrudnienia w projekcie (z uwzględnieniem przedłużeń dopuszczonych przez regulacje NCN).
• Ekspercka wiedza z zakresu biofizyki obliczeniowej, chemii obliczeniowej lub dziedzin pokrewnych, ze szczególnym uwzględnieniem symulacji MD.
• Zaawansowana znajomość symulacji MD, w tym modelu Martini 3, pól siłowych dla kwasów nukleinowych (AMBER, CHARMM) oraz rozwoju pól siłowych.
• Znajomość alternatywnych modeli gruboziarnistych dla kwasów nukleinowych, takich jak oxDNA, 3SPN, SIRAH, lub pokrewnych metod symulacji DNA i RNA.
• Bardzo dobre umiejętności obliczeniowe i programistyczne, w tym w zakresie tworzenia oprogramowania do symulacji molekularnych (OpenMM i GROMACS), programowania w językach Python (3.x), Bash, C++ i/lub Fortran, metod uczenia maszynowego oraz obliczeń wysokiej wydajności (HPC).
• Umiejętność i chęć prezentowania wyników badań na konferencjach międzynarodowych oraz publikowania w recenzowanych czasopismach; dobra znajomość języka angielskiego.

Oferujemy:

• Pełne miesięczne wynagrodzenie na umowę o pracę na czas określony 36 miesięcy z możliwością przedłużenia do 48 miesięcy: około 9300 zł brutto miesięcznie zgodnie z zasadami konkursu NCN OPUS-29.
• Możliwość udziału w konferencjach naukowych.
• Wsparcie w przygotowywaniu wniosków grantowych i doskonałe środowisko pracy.
• Zatrudnienie w jednym z najwyżej ocenianych instytutów badawczych w Europie.
• Pracę w przyjaznej atmosferze w interdyscyplinarnym zespole badawczym.

Wymagane dokumenty:

• List motywacyjny
• CV z wykazem publikacji i wystąpień konferencyjnych
• Dyplom doktorski z fizyki/biofizyki lub pokrewnej dziedziny nauki
• List polecający oraz wskazanie dodatkowej osoby polecającej, z którą możemy się skontaktować
• Podpisane oświadczenie: „Wyrażam zgodę na przetwarzanie moich danych osobowych zawartych w ofercie pracy dla potrzeb niezbędnych do realizacji procesu rekrutacji prowadzonego przez IPPT PAN z siedzibą w Warszawie, ul. A. Pawińskiego 5B, zgodnie z art. 13 ust. 1 i 2 Rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie swobodnego przepływu takich danych oraz uchwały dyrektywy 95/46/WE (RODO).”

W zgłoszeniu prosimy podać numer konkursu: BSP-DSP.111.17.2026

Dodatkowe informacje można uzyskać u Kierownika: dr. hab. Adolfo Poma Bernaola apoma@ippt.pan.pl