Post-Doc in Bioinformatics Laboratory in Katowice

Mossakowski Medical Research Institute, Polish Academy of Sciences poszukuje kandydata na stanowisko związane z projektem badawczym Narodowego Centrum Nauki (NCN) dotyczącym identyfikacji miejsc cięcia proteolitycznego w substratach peptydowych przy użyciu metod dokowania opartego na modelowaniu oraz uczenia maszynowego.

Enzymy proteolityczne (proteazy) odgrywają kluczową rolę w wielu procesach biologicznych, takich jak aktywacja i degradacja białek, trawienie oraz apoptoza. Dysregulacja ich aktywności jest związana z wieloma chorobami, co czyni proteazy ważnymi celami terapeutycznymi. Dokładna identyfikacja miejsc cięcia substratów jest niezbędna do zrozumienia specyfiki enzymów oraz projektowania nowych inhibitorów.

Celem projektu jest opracowanie nowej metody identyfikacji miejsc cięcia w substratach peptydowych poprzez integrację modelowania strukturalnego kompleksów enzym-substrat z algorytmami uczenia maszynowego. W trakcie projektu zostaną wygenerowane duże zbiory danych modeli kompleksów enzym-peptyd zarówno dla peptydów, które są cięte przez dany enzym, jak i tych, które nie są. Modele te, uchwycające subtelne różnice w trybach wiązania ciętych i nieciętych substratów, będą następnie używane do trenowania funkcji oceny przy użyciu metod uczenia maszynowego.

Wymagania:

• Doktorat w dziedzinie chemii, biologii, nauk obliczeniowych lub pokrewnej;
• Silna ekspertyza w metodach modelowania molekularnego, w tym modelowanie porównawcze, symulacje dynamiki molekularnej, dokowanie ligandów oraz prognozowanie struktury białek;
• Udokumentowane doświadczenie z modelem CABS oraz podejściami uczenia maszynowego do prognozowania struktury białek (np. AlphaFold-Multimer, AlphaFold3);
• Biegłość w jednym lub więcej narzędziach wizualizacji molekularnej (np. VMD, PyMOL, Chimera, YASARA);
• Tło w modelowaniu białek, enzymologii i proteolizie, wyrównywaniu sekwencji oraz dokowaniu ligandów;
• Doskonała znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie;
• Dobre umiejętności programistyczne w przynajmniej jednym z następujących języków: Python lub C++;
• Udokumentowane osiągnięcia naukowe, w tym publikacje recenzowane (na liście JCR) oraz streszczenia konferencyjne.

Specyficzne wymagania:

• Doświadczenie w używaniu AMBER do symulacji dynamiki molekularnej;
• Publikacje naukowe w dziedzinie modelowania molekularnego;
• Doświadczenie z narzędziami modelowania molekularnego takimi jak Modeller, ClustalW, MOE, CABS-dock, AutoDock lub GOLD.

Oferujemy:

• Zatrudnienie w jednej z wiodących instytucji naukowych w Polsce;
• Umowę o pracę (pełny etat) na czas określony (ok. 2 lata);
• Wynagrodzenie zgodne z zasadami Narodowego Centrum Nauki (NCN);
• Dostęp do specjalistycznego sprzętu w Instytucie;
• Dodatkowe wsparcie z funduszu socjalnego (tj. wsparcie w trudnych sytuacjach życiowych, subsydia na dzieci oraz niskooprocentowane pożyczki);
• Możliwość przystąpienia do Pracowniczych Planów Kapitałowych (PPK);
• Dodatkowe benefity, takie jak możliwość przystąpienia do grupowego ubezpieczenia na życie, pakiet usług medycznych oraz karta Multisport na preferencyjnych warunkach.

Praca w Warszawie, Mazowieckie.